A finales de mes, el futbolista reaparece también en la Champions, camiseta del barça jugando los últimos minutos en un partido de Liga de Campeones ante el AC Milan. Sin embargo, camiseta fc barcelona poco después volvería al filial; aunque tendría una corta aparición con el primer equipo ante el Málaga CF. Ya en su segunda temporada en el primer equipo con muchas proyecciones y tras haber rechazados ofertas de otros clubes, a poco de haber comenzado la temporada Jonathan sufre una grave lesión en la rodilla derecha, lo que le provoca una baja de 6 meses, de esta terrible manera Dos Santos termina el ciclo con apenas 3 partidos jugados.
