A lo largo de su historia, la entidad ha visto como su denominación variaba por diversas circunstancias hasta la actual de Fußball-Club Bayern München e.V., vigente desde 1923. El club se fundó bajo el nombre oficial de Fußball-Club Bayern. Durante los más de cien años de la entidad han vestido la camiseta del club una gran cantidad de jugadores que han dejado su huella en el club: Klaus Augenthaler, Franz Beckenbauer, Paul Breitner, Stefan Effenberg, Giovane Élber, Uli y Dieter Hoeneß, Oliver Kahn, Bixente Lizarazu, Sepp Maier, Lothar Matthäus, Gerd Müller, Karl-Heinz Rummenigge, Hans-Georg Schwarzenbeck, Mehmet Scholl o Roland Wohlfarth.