En 2002, se inauguraron las instalaciones de la Ciudad Deportiva del Villarreal, lugar donde entrena el primer equipo y las categorías inferiores. Tras 20 años consecutivos en la máxima categoría del fútbol nacional, en la temporada 2010/11 se desciende a Segunda División tras perder el último partido 0-2 contra el Valencia, convirtiéndose en el equipo que desciende a segunda división con más puntos de la historia de la liga (43). En esta misma temporada, Aranzubia marcaba un gol de cabeza en un córner en el último minuto que supondría el empate (Almería 1-1 Deportivo), consiguiendo ser el primer portero de la historia de la Liga Española en marcar de cabeza.
