Tras su victoria en la final de la Europa League, consiguió un cupo para disputar la Liga de Campeones de la UEFA 2021-22 donde el fútbol español tendrá cinco equipos en dicha competición continental (Atlético, Real Madrid, Barcelona, camiseta del barça 2023 Sevilla y Villarreal). En la temporada 2002-03, el equipo nuevamente acabó 15.º en liga, pero la disputa de la Intertoto al término de la temporada les aupó como campeones de la misma (tras superar en la final al SC Heerenveen neerlandés por 1-2 en la ida y 0-0 en El Madrigal), por lo que el Villarreal consiguió su primera clasificación para disputar la Copa de la UEFA.
